Das Chaos des Kriegsendes und die ideologische Verstrickung einiger Kaiser-Wilhelm-Institute mit dem NS-Regime erforderten einen Neuanfang für das deutsche Forschungssystem. So wurde 1948 die Max-Planck-Gesellschaft als Nachfolgeorganisation der Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft gegründet. In den Jahren 1946 bis 1954 wurde das Dortmunder Institut als „Max-Planck-Institut für Arbeitsphysiologie“ wieder aufgebaut, die Forschungsarbeiten wurden wieder aufgenommen.Unmittelbar nach dem Krieg standen weiterhin ernährungsphysiologische Fragen im Zentrum der Forschung, bis schließlich im Jahre 1956 die ernährungsphysiologische Abteilung in ein selbstständiges Max-Planck-Institut für Ernährungsphysiologie umgewandelt wurde.
In den Nachkriegsjahren wurden energetische Untersuchungen fortgeführt; die Methodik war inzwischen auch für Felduntersuchungen geeignet. Wirkungen von Klima, Lärm und Vibration wurden untersucht, ebenso Muskeltraining und -atrophie. Von zentraler Bedeutung war aber auch die Entwicklung von Konzepten, die sowohl körperliche wie auch geistige Arbeit einschlossen, etwa die Unterscheidung zwischen Leistungsfähigkeit und Leistungsbereitschaft. Diese Unterscheidung war grundlegend für die Untersuchungen der Tagesrhythmik und der Wirkung verschiedener Pharmaka. Auch Untersuchungen zur Ermüdung waren nicht auf körperliche Arbeit beschränkt. Neben den auf allgemeine Erkenntnisse zielenden Arbeiten fanden sich stets auch Versuche der Optimierung konkreter Arbeitsvorgänge und Werkzeuge (z.B. Mauern, pneumatische Hämmer).
